U okviru Vrhovnog suda FBiH osnovana su sudska odjeljenja radi odlučivanja o stvarima iz iste pravne oblasti, a to: krivično, građansko i upravno odjeljenje suda, čiji je djelokrug rada utvrđen zakonom. Osnovano je i posebno odjeljenje -  Odjeljenje za praćenje i evidenciju sudske prakse čiji je djelogkrug rada utvrđen posebnim aktom.